یکی از مصادیق اختلاف کثیر و تناقض عجیب در فلسفه معروف به حکمت متعالیه، دیدگاه این فلسفه است در مورد ماهیات اشیاء، زیرا که این فلسفه ماهیات اشیاء را از سویی اعیان ثابته و معلومات ازلی غیر مجعول خداوند و صور کمالات و مظاهر اسماء و صفات الهی می داند که اولا در علم و ثانیا در عین ظاهر شده اند کما قال فی اسفار ج 1 ص 262: فالماهیات صور کمالاته و مظاهر اسمائه و صفاته ظهرت اولا فی العلم ثم فی العین. و از سوی دیگر، آنها را مناط نقص و ضعف و از شدت نقصان و بطون و غایت ضعف و کمون بی نیاز از جعل و تحصیل و فعل و تکمیل قلمداد می کند کما قال فی اسفار ج 1 ص 263 : ان اثر الفاعل و ما یترتب علیه اولا و بالذات لیس الا نحوا من انحاء وجود الشئ لا ماهیته لاستغنائها عن الجعل و التحصیل و الفعل و التکمیل لا لوجوبها و شدت فعلیتها بل لفرط نقصانها و بطونها و غایه ضعفها و کمونها.
توجه کنید که مرحوم ملا صدرا این دو جمله را در کتابی واحد یعنی اسفار اربعه عقلیه و در جلدی واحد یعنی جلد اول تنها به فاصله چند سطر از یکدیگر در صفحات 262 و 263 بیان فرموده است.